연금술이 과학처럼 실용화된 세계를 배경으로, 금기인 ‘인간을 되살리는 연금술’을 시도한 두 형제가 모든 것을 잃고 그것을 되찾기 위해 여정을 떠나는 이야기다. 주인공 엘릭 형제, 에드워드와 알폰스는 어머니를 되살리기 위해 ‘인체 연성’을 시도하지만, 에드는 한쪽 팔과 다리를, 알은 몸 전체를 잃고 영혼만 갑옷에 봉인된다. 이들은 잃어버린 몸을 되찾기 위해 ‘현자의 돌’을 찾는 여정을 시작하게 된다.

에드는 국가 연금술사가 되어 형과 함께 다양한 지역을 돌며 연금술과 역사, 그리고 그 뒤에 숨겨진 거대한 음모를 파헤친다. 그 과정에서 다양한 동료들과 적을 만나게 되며, 각각의 캐릭터는 뚜렷한 개성과 깊은 인간성을 지니고 있다. 작품은 단순히 모험과 전투에 그치지 않고, 연금술이라는 설정을 통해 인간의 욕망, 윤리, 생명에 대한 문제를 깊이 있게 다룬다.

현자의 돌은 모든 연금술의 규칙을 무시할 수 있는 강력한 도구지만, 그것이 만들어지기 위해선 수많은 인간의 희생이 필요하다는 끔찍한 진실이 있다. 엘릭 형제는 그 힘을 단순히 이용하는 것이 아니라, 그것의 본질과 희생을 마주하며 도덕적 결단을 내리게 된다. 이들은 “등가교환”이라는 연금술의 원칙 아래, 무언가를 얻기 위해선 반드시 무언가를 잃어야 한다는 삶의 진리를 배워간다.

작품의 주된 적은 ‘호문클루스’라 불리는 인공 생명체들로, 각각 인간의 7대 죄악(오만, 탐욕, 나태, 분노 등)을 상징하는 존재들이다. 이들은 ‘아버지’라 불리는 창조자의 명령 아래 인간을 조종하며 국가 전체를 희생시키려는 거대한 계획을 진행한다. 이와 맞서 싸우는 엘릭 형제와 국가 연금술사들, 그리고 일반인들의 연대는 단순한 영웅 서사를 넘어선 깊은 감동을 준다.