천공으로부터 날아드는 드래곤의 습격에 인류가 위협받는 현대. 사람들은 마술로 창조한 신비의 뱀 리바이어던과 함께 힘겨운 항전을 계속하고 있었다. ‘뱀’과 계약하여 용을 섬멸하는, 선택받은 전투소녀――마기. 그 소녀들의 계약을 프로듀스하는 것이 생업인 소년 하루가 하루오미는, 소꿉친구이자 유럽에서도 손꼽히는 실력을 지닌 마기 아샤의 (강압적인) 요청으로 3년 만에 ‘도쿄 신도’로 돌아온다. 요정 같은 용모의 소녀에게 휘둘리는 한편, 학교생활에 계약진행 등으로 정신없는 가운데 갑자기 상위종 드래곤 ‘소스’가 습격하는데――?! 지금 이 순간 용과 용잡이의 새로운 신화가 숨을 쉰다! 지고의 드래곤 엔터테인먼트, 신생!!

세계를 구하는 것은 언제나 히어로이다. 별안간 현대사회에 나타난 포털을 통해 이세계 문명이 인류에 침공을 개시한다. 드래곤이 날아다니고 대마법사가 습격하는 세계로 변모한 지구. 중학생 이치노세 유우는 국가 프로젝트의 소년 종사자로서 국방군 관할의 나노테크놀로지 연구소에 동원된다.