암행어사는 부패한 지방관리를 잡아들이는 일을 한다고 알려져 있지만 실상은 달랐다. 민심이 흉흉해지는 것을 두려워하는 고결하신 윗분들이 그렇게 위장하는 것일 뿐, 암행어사는 인간이 저질러서도, 저지를 수도 없는 죄를 다스리는 비밀부서인 암행부의 수장이었다. 이 세상에서 목숨을 부여받지 않은 존재인 마물을 퇴치하는 비밀부서와 그 수장인 암행어사. 그리고 그 뒤에는 그들을 돕는 또다른 감춰진 존재들이 있었으니, 암행부에서는 그들을 밤선인이라고 불렀다.
연이어 발생하는 다섯 살 난 아이들의 실종. 수사를 맡은 이인호의 머릿속에 꼭 닮은 20년 전의 한 사건이 떠오른다. 한편 동료의 의문스러운 자살을 파고들던 윤새벽. 그는 동료의 죽음이 실종된 아이들과 관련이 있다는 걸 알게 된다. 20년 전 사건으로 얽힌 이인호와 윤새벽. 두 사람은 아이들 실종의 배후에 있는 어두운 그림자에 다가선다. - “내가 살아있다고? 살아 있다면 내 자신이 누군지 알아야할 것 아냐? 그런데- 그런데 난 누구지?”
어느 날 병원에서 깨어난 남자. 하지만 자신이 누구인지 전혀 기억이 없다. 거울에 비친 자신의 모습 역시 낯설다고 느끼는 순간, 한 남자의 프로파일이 머릿속에 떠오른다. 염나루, 37세, 성형외과 의사, 종암 경찰서 부검의, 그리고- 그는 사람들을 그들과의 일상이 아닌 프로파일로 기억하고 있다는 사실을 깨닫는다. 퇴원 후 친구인 박창수 형사는 그에게 갑작스런 부검을 부탁하고, 기억을 되찾는데 도움이 될지도 모른다는 생각에 무작정 경찰서로 간 염나루는 사체에 손을 대는데-
노론사대신이 몰락하면서 관상감에 유폐되어 있는 연잉군(영조). 겸재 정선은 관상감 겸교수로 부임하면서 그와 각별한 인연을 이어가는데... 어느날 갑자기 정선에게 날아든 의문의 서신, 그리고 수십년 전 소현세자와 같은 증상으로 쓰러진 경종. 정선은 자신의 의지와 상관없이 '글자'를 둘러싼 격랑에 휘말리게 된다.
