시로가네 토마는 구세주다. 지금은 평범한 가정주부지만. 인류재생기구 봉화(鳳花). 그곳은 포자수(베놈스덤)과의 전쟁에서 패배하고 지하로 쫓겨난 인류의 마지막 생존권. 그 최하층 《학원도시》에서는 인류의 유일한 희망인 《마법기사》가 육성되고 있다. 그중에서도 엘리트가 모이는《 제1마법기사학원》에 지원한 토마의 딸, 시로가네 유키나는 시험에서 사상 최고의 스테이터스를 기록하며 최강의 S랭크로서 입학한다. 전장을 벗어난 뒤로 지금껏 사랑하는 딸의 성장을 지켜본 토마는 눈물을 흘리지만, 어느 날 극비 지령이 날아드는데── ‘딸과 함께 학원에 다녀라. 이것은 특무지령이다’ 세계 최강의 딸과 겉으로는 평범한 아버지. 두 사람의 고귀한 사랑과 파란의 이야기가 시작된다!

회식을 마치고 돌아가는 길, 젊은 사원 사네자와 하루히코는 회사에서 ‘여제’라 불리며 두려움을 사는 엄격한 상사 모노우 유이코에게 호텔에 가자는 제안을 받았다. 당황하는 사네자와에게 그녀는 부끄러워하면서도 부탁한다.