여관집 아들 짐 호킨스는 자기 집에 묵고 있던 해적선 부선장 빌리본즈가 죽자 그의 유품을 들고 의사인 리브지와 지주 트리로니에게 가지고 가서 열어 보니 한 장의 해도가 나온다. 그것은 해상호의 선장이었던 프린트가 보물을 파묻은 섬 지도였다. 이들은 보물섬 탐험에 나선다.

일행은 선장 스몰렛과 선원들을 태우고 탐험선 히스파니올라 호를 항해를 떠난다. 짐은 요리사인 존 실버와 친해지는데 배가 목적지에 접근한 어느 날 밤, 우연한 일로 짐은 실버가 흉계를 꾸미고 있는 것을 알게 된다. 실버는 해적선의 수로 안내인이라는 것을 알게 된다. 짐은 실버의 계략를 동료들에게 알리고 이들에게 물리칠 수 있는 대책을 세운다.

다음 날 아침 짐은 악당들과 함께 먼저 섬에 상륙해서는 몸을 숨기고 섬 속을 탐사하던 중에 해상호의 선원이었고 3년 동안이나 섬에 버려졌던 벤 건을 만나 친하게 된다. 그 동안 의사와 지주 일행도 상륙하여 오두막집을 점령하고 실버 무리와 싸움을 벌인다. 짐은 벤 건의 안내로 오두막집으로 돌아와 그들과 합류한다. 이틀에 걸친 격전을 벌인 후, 짐은 적이 점령하고 있던 배에 숨어들어 가 악한들을 쓰러뜨리고 배도 탈환한다. 그러나 오두막집에 돌아와 보니 그곳은 실버 일당에게 점령되어 있었다.

일행은 벤 건이 보물을 파내 다른 곳에 옮겨놓았다는 것을 알고 지도와 오두막집을 실버 일당에게 넘겨주고 벤 건의 동굴에서 지내고 있었다. 짐은 그대로 실버 일당과 함께 머물러 있게 되는데 실버는 다른 악한들에게 미움을 받고 있다. 이윽고 그들은 의사 일행 손에 들어가 있는 보물을 파내러 가서 싸움을 벌인다. 그때 실버와 짐은 위기에 빠지나 의사들에게 구조된다. 일행은 실버만을 데리고 나머지 악한들은 섬에 남겨둔 채 보물을 싣고 돌아온다. 중간에 어느 항구에 도착했을 때 실버는 보물 일부를 훔쳐 작은 배를 타고 도망쳐 버린다.