학식이 높고, 인정이 많은 지킬 박사는 사람에게는 선과 악의 두 가지 본능이 있다고 생각하고 이 이중성을 분리한다면 인간은 자유로워질 수 있을 것으로 믿는다. 그는 이를 위한 약품을 만들고 스스로 복용한 결과 자신의 다른 모습인 사악한 하이드로 변신할 수 있게 된다. 그 후 지킬 박사는 집에만 박혀있고 사람들을 만나지 않는다.

마을에는 난쟁이처럼 생긴 못생긴 괴물 같은 사람이 돌아다니며 사람을 죽이고 나쁜 짓을 하고 다닌다. 지킬 박사의 집사장 풀은 이 소설의 화자이며 변호사인 어터슨을 찾아와 지킬 박사의 실험실에 하이드가 드나든다는 소문을 들어왔는데 주인님이 걱정된다고 함께 가 달라고 부탁한다.

풀과 어터슨이 지킬박사의 실험실에 들어갔을 때 거기에는 하이드의 시신과 편지가 남아있다. 지킬 박사는 사람의 모습을 변신할 수 있는 약품을 만들고 자신이 그 실험대상이 되어 약을 먹게 되었다. 자신이 사악한 하이드로 변하자 교양 있는 척하며 사는 지킬 박사의 모습이 싫어지고 나쁜 짓을 하고 싶어졌다. 처음에는 일정 시간이 지나 약을 먹으면 지킬 박사로 되돌아올 수 있었다. 하지만 이런 일이 거듭되자 악한 기운이 강해져서 약을 사용하지 않아도 저절로 사악한 하이드로 변하고 못된 짓을 하게 되었다. 그는 이런 자신의 모습을 억제할 수 없어 자살한다는 내용이 적혀 있다.