전 세계에 신제국주의 사상이 퍼지고 있을 때 한반도 서해 심해에서 발견된 하나의 광물로 인해 제2차 한국전쟁이자 제3차 세계대전이 일어난다.
2040년 전쟁이 끝나고 대한민국은 과거처럼 또 다시 국권을 침탈 당하게 된다.

한국의 독립을 위해 투쟁을 하는 무장독립운동단체 「네메시스」
그 곳에는 사상 최악의 테러리스트이자 한 때 세기의 천재라 불리었던 닥터 제로가 있었다.

자신과 아버지를 버린 어머니와 조국에게 복수심을 품고 있던 그에게 다시 주어진 기회.

이번에는 내가 제국을 건설해 미래 기술과 문화로 세상을 정복해 주마! 무력은 잠시 거들 뿐!
하지만 간혹 무력을 먼저 앞 세울 수도······