핵에 오염되지 않은 인류의 마지막 도시 '아키온'.핵폭발의 순간, 성녀 '아카샤'가 나타나 철의 벽을 쌓아 인류를 구했다고 전해진다. 이후 몇 천 년 동안 성녀와 사제 집단은 인류를 다스리지만, 사실 그들의 정체는 AI.AI의 통제에서 벗어나기 위해 전쟁을 치른 '시오'는, 결국 성녀와 최후의 전투를 치르지만 그녀에게 죽고 만다. 그리고 눈을 뜨자, 13살의 시오로 돌아와 있다. 머릿속에는 아직도 선명하게 기억되는 그녀의 목소리가 되풀이되고 있었다. ‘날 찾으러 옵니까?’ 두고 봐라, 찾으러 가 주마. 다시 한 번 아키온 바깥의 왕으로서, 너에게 빼앗겼던 모든 것을 지키고 널 죽여주마. 이번엔 내가 반격할 차례다.