2학년 마지막 「학년말 특별시험」을 거치고 3학년을 A반으로 맞이한 호리키타와 전 1학년 D반. 그러나 최대 일등 공신인 아야노코지 키요타카가 반을 바꾸고 만다. 호리키타 반 학생들은 혼란과 혼돈에 빠지는데…. 거기에는 단 하나의 잔혹한 사실이 존재하고 있었다. 호리키타와 3학년 A반은 『아야노코지 키요타카』를 이기지 못하면 A반으로 졸업할 수 없다.

성장을 보여주고 있는 류엔과 B반, 아야노코지의 C반과 이치노세의 D반에 새로운 연결이 생기는 가운데, 3학년 첫 특별시험인 『단체전, 소수전 학력 종합 테스트』가 발표된다! A반으로 졸업할 수 있는 반은 오직 하나. 어느 반이 정상에 오를 것인가. 대망의 『3학년 편』 스타트.