초등학교 6학년생인 미야세 후지오의 집에 도둑이 들었다. 도둑맞은 물건은 어마어마한 양의 금이 매장된 곳이 적힌 암호문 종잇조각이다. 후지오의 아버지인 미야세 고조는 종잇조각을 찾기 위해 명탐정 아케치 고고로에게 사건을 의뢰한다. 
 한편 공교롭게 도둑에게 납치됐지만 명탐정의 조수인 고바야시 소년의 활약으로 도둑의 소굴과 뜻밖의 사실을 알게 된다. 금을 찾으려 미야세 부자와 탐정과 조수 4명이 암호문에 적인 곳으로 모험을 떠나는데... 
 아케치 고고로의 조수인 고바야시 소년의 눈부신 활약이 빛난다!