《마갑충(魔甲蟲)》에 지상을 빼앗긴 인류가 천공의 부유도시에 거주하는 세계. 인류는 마력을 이용해 《마갑충》에 대항하는 위저드── 공전마도사(空戰魔道士)를 탄생시켰다.
공전마도사 육성 기관인 학원부유도시 《미스트건》에 다니는 ‘카나타 에이지’는 《검은 검성(劍聖)-크로노스-》라는 칭호를 얻은 S128 특무소대 엘리트 에이스. 그러나 지금은 「특무소대의 배신자」라 불리며 멸시당하는 몸이다.
그런 카나타가 어느 날, 연전연패 중인 E601소대의 교관으로 임명된다. 그 소대에는 성격에 다소 문제가 있어 보이는 세 소녀가 소속되어 있는데──?
배신자와 낙제생 소녀들의 호쾌한 진격이 지금부터 시작된다!