――현대 일본. 사회의 이면에서는 ‘이능’이라는 자들이 숨어서 초상의 싸움을 벌이고 있다.
초능력자, 마법소녀, 첨단 과학 병기를 다루는 천재아――이능의 소년 소녀를 모아서 비밀리에 격리 교육을 하는 학교 ‘이노고’.
그곳에 자기의 능력조차 모르고 입학한 세이지는 마녀반의 우등생인 흑발 트윈테일 미소녀 앨리스벨을 만난다.
아웅다웅하면서도 힘을 합쳐 싸우기 시작한 두 사람은 ‘연심을 먹고 이능의 무구를 낳는’ 미녀 요괴 ‘맥’과 기묘한 삼각관계에 빠지는데…….

……사랑과 투쟁의 나날이 지금 시작된다.