과거, 인간은 거대한 전쟁을 시작했다. 그 결과, 불과 3년 만에 지구는 더 이상 생명체가 살 수 없을 정도로 오염되었다. 이 행성은 끝났다고 절망하며 멸망만을 기다리고 있었을 때, 인류는 목격했다. 기적을, 새로운 세계를. 다시 주어진 기회를. 그것은 시온Zion. 지구조차 파멸시킨 인류에게 주어진 은혜이자 벌이었다.
그리고 시온력 12년‘. 무기’라고 하는 사상(思想)을 잃어버린 인류는 인류의 무기를 사용하는 카르마와 투쟁하며 생존하고 있다.
수억의 동포를 잃은 끝에 겨우 정착한 낙원이라는 이름을 가진 도시에서 카르마에게 맞서 싸우는 초인들. 그리고 그런 초인들의 집합체인 민간군사기업‘ 엔터프라이즈’에서‘ 미친개’라고 불리는 험악한 소년 한태진과 무표정한 소녀 시온, 그리고 그 사원들은 함께 살아가고 있다.
그러나 낙원을 침략하기 위해 나타난 강대한 카르마 군단과 정체불명의 강자인 ‘타키온’에 의해 인류는 또다시 생존의 기로에 놓이는데…….