"기다리고 있었습니다. 우리의 구세주님."

고등학생 카시바 쇼고 앞에 다섯 명의 미소녀들이 무릎을 꿇는다. 여느 때처럼 허물없이 지내는 카린과 함께 등교하려던 일상으로부터 훌쩍 다른 세계로 빨려들어 가버린 것 같다! 희무녀라고 부르는 미소년들 중에서도 가장 예쁜 멜라니의 말에 따르면, 그 세계는 세상을 만든 신의 저주 때문에 인간들이 멸망하고 있다고 한다. 저주를 실행하는 신의 '대행자'와 싸울 수 있는 것은 신의 창조물이 아닌, 다른 세계에서 소환된 자 뿐.

갑자기 '구세주'가 돼버린 쇼고는 처참한 죽음을 맞이하는 인간들을 목격하고, 싸우기로 결심한다. 신에 대항할 수 있는 유일한 힘. '이코노클라스트'의 탑승자로서….