어느 날 여대생 리루는 교수의 기괴한 죽음을 목격하게 된다. 느닷없이 몸이 뒤집히고 등골이 으스러져 절명하는, 이해할 수 없는 죽음이었다. 사건 직후, 리루는 현장에서 생물처럼 움직이는 녹색의 기체가 교수의 옆에 있는 것을 본다. 그 광경을 본 그녀는 18년 전의 두려운 기억을 다시 떠올리게 된다. 어린 자신의 눈앞에서 아버지도 녹색 기체에게 습격당해 똑같이 숨이 끊어졌던 것이다.

자신의 눈에만 보이는 수수께끼의 기체 ‘D’의 정체를 밝히기 위해, 리루는 현장에서 한 소년이 떨어뜨린 회중시계를 단서 삼아 친구 유카와 행동에 나선다.
이상한 사망 사건의 연속, 어둠 속에서 움직이는 한 집단. 몇 번이고 생명의 위협을 받으면서 리루는 누군가가 계획적으로 D를 이용하고 있다는 결론에 다다르는데…….