1,500년 전의 신라, 그곳에서 새로운 역사가 시작된다.
경주로 향하던 1117호 무궁화 열차가 서악동 들판에서 탈선하는 사고가 발생했다. 많은 사람들이 다치고, 열차 파손으로 인한 물질적 손해가 생겼다. 380여명이 탄 열차의 전복은 많은 사람들을 당혹시켰다. 그 중에서도 가장 당황스러운 일은 식당칸이 흔적도 없이 증발해버렸다는 것이다. 그 안에 타고 있던 4명의 사람들과 함께.
문무왕은 아버지 태종무열왕을 기리기 위해 왕릉 앞에 지은 신궁(神宮)에서 천지신명에게 힘을 달라는 제사를 지내고 있었다. 그가 열성적으로 천지신명에게 빌고 있을 때, 하늘에서 뇌성병력이 치고 폭풍우가 몰아치기 시작했다. 그리고 곧 연기와 안개로 뒤덮인, 모양 사나운 쇳덩어리가 나타났다. 쇳덩어리는 사람들을 토해놓았고, 이를 보는 문무왕과 백관들은 이 상황에 놀라 바라보기만 했다. 왕은 그들을 보낸 것이 하늘의 뜻이라 생각했다.
한국대 고고학 교수 이태진, 와세다대 사학과 교수 시미즈, MBS 드라마 조연출 박은비는 서기 668년의 신라로 떨어졌다. 그들은 미래에 기록된 문헌들의 내용을 가지고 새로운 역사를 창조한다. 시미즈는 출세의 야욕을 가지고 일본으로 건너가 독도가 일본의 영토라는 비문을 새긴다. 휴대전화를 통해 21세기와 연락이 가능하다는 것을 발견한 태진과 그의 친구 정훈은 시미즈의 계획을 눈치 채고 그의 계획을 수포로 돌려놓고, 독도에 문무왕이 정벌했다는 비문을 새겨 길고 긴 독도 분쟁에 마침표를 찍는다.
과거의 시간 속에 남겨진 이태진과 박은비는 다시 현대로 돌아오기 위해 모든 방법을 강구하는데…….